従業員ゼロの一人社長でも狙える補助金4選＋1【2026年】採択後の税金・資金繰りまで税理士が解説

「従業員ゼロの一人社長は、補助金なんてもらえない」——そう思って探すのをやめていませんか。実際には、従業員0名でも対象になり得る国の補助金は複数あり、採択されれば最大450万円クラスを狙える制度もあります。

この記事は、従業員を雇っていない一人社長・個人事業主が「どの補助金を、いつ、どの順番で検討すべきか」を決めるための記事です。公認会計士・税理士として500社以上の顧問先を見てきた経験から、制度の紹介だけでなく、採択された後の税金・資金繰りの設計（圧縮記帳・総収入金額不算入・消費税の返還）まで踏み込んで解説します。

【この記事の基準日】2026年8月29日時点の公表情報に基づきます。補助金の枠・上限・補助率・締切は公募回ごとに変わるため、申請前に必ず各公式サイトの最新公募要領をご確認ください。

大前提：一人社長が「助成金」を調べると時間を失う理由

最初に、多くの一人社長がつまずくポイントを整理します。「補助金」と「助成金」は名前が似ていますが、主な管轄が異なり、それが「従業員ゼロで狙えるか」の分かれ目になります。

たとえば厚生労働省の業務改善助成金は、公式ページに「労働者（従業員）がいない場合は、助成の対象となりません」と明記されています。キャリアアップ助成金も雇用保険の被保険者である従業員が前提です。従業員ゼロの社長がこれらを調べ、要件を読み込み、最後に「対象外」と分かる——これが一番もったいないパターンです。

なお、ここでいう「助成金」は厚労省の雇用関係助成金を指します。自治体には「助成金」という名前でも一人社長が使えるものがあります（後述の第3位）。

逆に、経産省系の「補助金」は従業員の有無を問わないものが多く、小規模事業者の従業員数のカウントに事業主本人・役員は含まれません。社長一人だけの法人や個人事業主本人も「小規模事業者」に含まれ、狙える土俵は十分にあります。

30秒診断：あなたがまず見るべき補助金

第1位：小規模事業者持続化補助金——一人社長の王道

従業員ゼロの一人社長がまず検討すべき王道が小規模事業者持続化補助金（一般型・通常枠）です。理由は3つあります。

1. 従業員数要件上は、従業員0でも対象になり得る（商業・サービス業は従業員5人以下等が要件で、本人・役員はカウントしない。ただし事業者区分・業種・過去の採択歴・課税所得等の他の申請要件や対象外事業者の定めがあるため、必ず公募要領で確認）
2. 使い道が広い——チラシ、ホームページ、看板、広告、展示会出展、店舗改装、新商品開発など「販路開拓の取り組み」全般
3. 採択率が比較的高い——第18回公募は応募17,318件に対し採択8,229件（中小企業庁の採択発表（修正後））。おおよそ2件に1件が採択されている計算です。ただし採択は事業計画の内容次第です

最大250万円という数字が目を引きますが、賃上げ特例は従業員への賃金引上げが前提のため、従業員ゼロの一人社長が現実的に狙うのは50万〜100万円のゾーンです。

ここで第20回の重要な注意点があります。第20回公募要領（第8版）では、広報費（チラシ・広告等）とウェブサイト関連費は、それぞれ補助金交付申請額30万円が上限とされ、これらの費目だけでの申請はできません。「補助金の大半をホームページや広告につぎ込む」という組み立ては第20回では通らないため、たとえば店舗改装（外装・内装工事）や新商品開発を計画の軸に据え、チラシ（広報費）とホームページ（ウェブサイト関連費）を各30万円の範囲で上乗せする——という複数経費の組合せで事業計画を設計するのが実務です。それでも採択されれば自己負担は原則3分の1で済み、十分に大きな支援です。

第20回のスケジュール——「様式4」の締切は申請締切より早い

公式サイトによれば、第20回公募は2026年11月5日（木）に申請受付開始、申請締切は2026年12月15日（火）17:00の予定です。ここで見落としやすいのが、商工会・商工会議所に発行してもらう「事業支援計画書（様式4）」の発行受付締切がその前の2026年12月4日（金）である点です。

つまり12月に動き出すのでは遅く、10月中には経営計画の骨子と見積書を準備し、商工会・商工会議所に相談を始めるのが実務的な逆算です。

第2位：デジタル化・AI導入補助金——AI・ITツールで最大450万円

旧「IT導入補助金」が令和7年度補正予算事業からリニューアルしたデジタル化・AI導入補助金2026（通常枠）です。会計ソフト、予約システム、ECサイト、顧客管理、生成AIを使った業務効率化ツールなど、人を雇う代わりにツールで武装する一人社長と相性の良い制度です。

注意点は2つあります。第一に、対象は原則「事務局に登録されたITツール」だけで、ChatGPTの有料プランを自分で契約すれば何でも対象、という制度ではありません。第二に、通常枠の補助率は原則2分の1です。「小規模事業者だから自動的に高補助率」ではなく、2/3が適用されるのは一定の低賃金従業員要件を満たす場合に限られます（従業員ゼロの一人社長には通常この要件の適用はありません）。

採択のポイントは「便利だから」ではなく「どの業務プロセスがどう改善するか」を数字で説明できることです。

第3位：自治体・地域の補助金——ライバルが少ない穴場

意外と見落とされるのが、お住まいの都道府県・市区町村の補助金です。ホームページ制作費、展示会出展、店舗家賃、創業費用など自治体ごとに多彩で、地域限定ゆえに応募者が少なく、国の大型補助金より競争が緩いケースがあります。

探し方はシンプルで、「（市区町村名）＋補助金＋創業」「（市区町村名）＋ホームページ＋補助金」で検索するか、地元の商工会・商工会議所に問い合わせることです。商工会・商工会議所は年会費数千円程度から加入でき、持続化補助金の様式4発行でも必ず関わる、一人社長の強い味方です。

第4位：事業承継・M&A補助金——「継ぐ・買う・売る」なら大型

当てはまる人を選びますが、該当するとインパクトが大きいのが事業承継・M&A補助金です。「後継者として事業を継ぐ」「小さな会社や店舗を買って広げる」「自分の事業を誰かに売る」——数百万円規模で会社を買う個人M&Aが増えるなか、その専門家費用等に補助が出ます。

ゼロから起業するより、すでに売上のある事業を引き継ぐほうが早い——という選択肢を資金面で後押しする制度です。公募スケジュールは年度内で区切られるため、検討する場合は事務局サイトで受付中の公募回を必ず確認してください。

番外：省力化投資補助金——一般型は「従業員ゼロ」不可、カタログ注文型は0名でも道がある

ここが本記事で最も注意してほしいポイントです。配膳ロボット、自動精算機、予約・在庫システムなど人手不足を機械で補う中小企業省力化投資補助金は金額が大きい一方、一般型は賃上げが前提の制度設計で、応募時点で従業員が0名の事業者は対象外とされています（公式FAQ）。一方、カタログ注文型は、2025年4月24日以降、常勤従業員がいない事業者も、所定の証憑を提出し人手不足要件等を満たせば申請可能です。ただし従業員0名では賃上げによる補助上限の引上げは利用できないため、従業員5人以下の通常上限500万円が上限の目安になります。

整理すると、一般型は応募時点で従業員0名では申請できない、人を雇ってから使う枠です。一方カタログ注文型は、常勤従業員0名でも人手不足の状態を所定の証憑で示せれば申請の道があります（賃上げによる引上げは使えず、5人以下の通常上限は500万円）。さらに一人でもスタッフを雇えば、一般型や賃上げによる上限引上げも選択肢に加わります。事業の成長ステージで使い分けるのが正解です。

【最重要】採択されても損する5つの罠

どの補助金を選ぶかと同じくらい、採択後の手残りと資金繰りを左右するのが次の5つです。

① あと払い。補助金は原則、先に全額を自分で支払い、実績報告・検査を経てから入金されます。150万円の補助事業なら、いったん150万円全額を立て替える資金計画が必要です。

② 交付決定前の発注NG。「採択されそうだから先に発注しよう」は厳禁です。多くの制度で、交付決定前に発注・契約・支払いをした経費は補助対象外になります（例：デジタル化・AI導入補助金の交付決定後の手続き）。交付決定の通知が来てから動くのが原則です。

③ GビズIDと事前準備。電子申請の入口となるgBizIDプライムは、GビズID公式によればオンライン申請なら速やかに発行されますが、書類申請の場合は最大1か月かかります。オンライン申請の場合も早めに手続きし、書類申請となる場合は最大1か月の審査期間に不備対応の期間を加味して、少なくとも1か月以上の余裕を確保してください。

④ 採択＝入金ではない。採択の後に実績報告・証憑提出・確定検査があり、書類不備や対象外経費の混入で減額されることがあります。

⑤ 税務・消費税。これが会計士として一番伝えたい罠です。次章で詳しく解説します。

税理士の本丸：補助金の税金は「中身」で変わる——手残り設計の実務

補助金は原則として収益です。法人なら雑収入等として益金に、個人事業主なら事業所得の総収入金額に算入されるのが基本です。ただし、「100万円もらったら必ず2〜3割が税金で消える」と単純化するのは誤りで、使い道によって課税のされ方が変わります。

数値例：200万円の設備を補助金100万円で買った場合

仮に200万円の設備を購入し、国庫補助金等100万円を受け取ったとします(法人・単純化のため税率30%と仮定)。

• 圧縮記帳をしない場合：補助金100万円がその期の益金に計上される一方、設備は耐用年数にわたって減価償却するため初年度の損金は一部だけ。補助金収益だけを見れば税率30%で30万円相当ですが、実際の初年度の税額は耐用年数・取得月・償却方法による減価償却費や他の損益によって変わります。収入計上と経費化の時期のズレが資金繰りを圧迫し得ます。
• 圧縮記帳をする場合：帳簿価額を100万円圧縮して益金と相殺し、補助金収益に対応する当期の課税を繰り延べます。以後の減価償却費は圧縮後の100万円をベースに計算するため、税負担がなくなるのではなく将来に繰り延べられる——これが正確な理解です。

個人事業主の場合は、国税庁タックスアンサーNo.2202「国庫補助金等を受け取ったとき」のとおり、固定資産の取得・改良に充てた国庫補助金等は、確定申告書に明細書を添付することで総収入金額に算入しない処理が可能です。この場合、取得費は補助金分を控除した残額となり、減価償却費もその金額を基礎に計算します。

本当に怖いのは税金そのものより、入金の時期・経費化の時期・消費税処理を見ずに資金繰りを組むことです。補助金は「もらう技術」より「もらった後に残す設計」——ここが専門家を使う価値です。なお、適用要件・明細書の記載は個別性が高いため、実行前に必ず顧問税理士にご確認ください。

よくある質問

Q. 個人事業主でも「一人社長向け」の補助金は使えますか？

本記事の4選はいずれも中小企業・小規模事業者向けの制度で、個人事業主も対象に含まれるのが基本です。従業員数のカウントに事業主本人は含まれません。ただし公募回ごとの要件（開業届・確定申告の実績等）は公募要領でご確認ください。

Q. 補助金の申請は自分でできますか？

持続化補助金は商工会・商工会議所の支援（様式4）を受けながら自分で申請する建付けです。デジタル化・AI導入補助金はIT導入支援事業者と組んで申請します。申請代行をうたう業者の成功報酬相場に見合うかは、補助額とご自身の工数で判断してください。

Q. 採択されたお金はいつ入金されますか？

事業実施→実績報告→確定検査を経てからの入金で、事業終了から入金まで数か月かかるのが一般的です。その間の立替資金を必ず資金繰り表に織り込んでください。

まとめ：一人社長の補助金戦略

大前提は、一人社長の主戦場は雇用関係の「助成金」ではなく「補助金」であること。そして採択された後の税金と資金繰りまで設計すること。まずはGビズIDの取得と、地元の商工会・商工会議所への相談から始めてください。

採択後の税務・資金繰り設計は専門家にご相談ください

当事務所は認定経営革新等支援機関として、補助金活用を含む中小企業支援を行っています。圧縮記帳・総収入金額不算入の適用判断、消費税の返還への備え、入金までのつなぎ資金計画——「もらった後に残す設計」は、採択の前から始まります。

▶ 会計・税務顧問サービスの詳細はこちら——補助金の税務処理・資金繰りを含め、一人社長の意思決定を継続的にサポートします。

動画でも解説しています

本記事の内容は、YouTubeチャンネル「田中将太郎公認会計士・税理士事務所」でも動画で解説しています。一人社長が損しないお金の話を毎週配信していますので、あわせてご覧ください。

▶ YouTubeチャンネルはこちら

出典（一次情報）

• 小規模事業者持続化補助金〈一般型・通常枠〉公式サイト（第20回スケジュール：2026年11月5日受付開始／様式4締切12月4日／申請締切12月15日17:00）
• 小規模事業者持続化補助金 第20回公募要領（第8版・PDF）（広報費・ウェブサイト関連費は各補助金交付申請額30万円上限・当該費目のみでの申請不可）
• 中小企業庁「小規模事業者持続化補助金〈一般型・通常枠〉第18回公募の採択事業者（修正）」（応募17,318件・採択8,229件）
• デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠（補助額・補助率）
• デジタル化・AI導入補助金 交付決定後の手続き（交付決定前の発注NG）
• 中小企業省力化投資補助金（一般型）よくあるご質問（従業員0名の取扱い・賃上げ要件）
• 中小企業省力化投資補助金（カタログ注文型）2026年3月19日制度改定（従業員5人以下：500万円／賃上げ750万円）
• 中小企業省力化投資補助金（カタログ注文型）公式サイト（補助率1/2以下）
• 中小企業省力化投資補助金（カタログ注文型）よくあるご質問（常勤従業員0名の取扱い：2025年4月24日以降、所定の証憑提出等で申請可）
• 中小機構 補助金活用ナビ「事業承継・M&A補助金のご案内」（各枠・類型の補助上限：買い手・売り手600万円／DD加算800万円／小規模売り手450万円／2,000万円は100億企業要件の買い手のみ。補助率：促進枠1/2・小規模2/3／専門家活用枠1/3・1/2・2/3、100億企業要件は1,000万円以下1/2・超1/3）
• 厚生労働省「業務改善助成金」（労働者がいない場合は対象外）
• 国税庁タックスアンサー No.2202「国庫補助金等を受け取ったとき」（総収入金額不算入）
• 国税庁 文書回答事例（国庫補助金等の圧縮記帳・法人税法42条）（圧縮額の損金算入・圧縮後の帳簿価額を基礎とした減価償却）
• GビズID公式サイト（発行期間）

著者：田中将太郎（公認会計士・税理士）／最終レビュー日：2026年8月29日／制度の基準日：2026年8月29日時点の公表情報。補助金の採択・交付を保証するものではありません。個別の申請可否・税務処理は、最新の公募要領および顧問税理士・商工会等にご確認ください。